技術原理
翻譯（Translation）是基因表達的關鍵步驟，是指信使RNA序列的過程。蛋白質翻譯的調控是高度精準、多層次、動態(tài)化的過程。
雖然轉錄組數(shù)據(jù)一定程度上能夠評估蛋白質的表達水平，然而，越來越多的研究結果表明，mRNA的豐度和蛋白質的豐度存在較大差異。這主要是由于在翻譯過程中存在復雜的調控機制。蛋白質可以通過質譜技術直接量化蛋白質的豐度，但無法檢測出mRNA的翻譯效率和蛋白質的合成速率。迫切需要一種創(chuàng)新性技術，洞悉翻譯調控過程，并架起轉錄組學和蛋白質組學的橋梁。因此，翻譯組學?核糖體印跡測序（Ribosomeprofiling,Ribo-seq）恰逢其時地應運而生。
核糖體印跡測序（Ribosomeprofiling,Ribo-seq），能夠精細解析細胞內的翻譯過程。Ribo-seq的技術核心是識別與核糖體結合的RNA，以及正在被翻譯的約30個核苷酸。對核糖體結合的RNA片段進行測序，能夠精確記錄核糖體在翻譯過程中的位置。將轉錄組與Ribo-seq數(shù)據(jù)聯(lián)合分析，可以計算量化蛋白質的合成速率。通過Ribo-seq分析，能夠鑒定新型的uORF、microPeptide、發(fā)現(xiàn)新穎的翻譯調控機制以及能夠被翻譯的lncRNA。
應用方向
Ribo-seq應用于研究轉錄本的翻譯活性、鑒定翻譯起始位點、密碼子使用、ORF位置和mRNA的翻譯調控機制。
Ribo-seq技術已經廣泛應用在動物、植物和微生物的研究中，用于揭示生長發(fā)育、形態(tài)建成、疾病發(fā)生、逆境脅迫響應的調控機制。總之，Ribo-seq能從基因組水平檢測正在翻譯的mRNA序列信息，揭示核糖體在mRNA上的位置和翻譯活性，并幫助解析翻譯調控機制。
藍景科信優(yōu)勢
實驗周期快、質量高、結果穩(wěn)定可靠
豐富的物種經驗
已做物種
人 小鼠 大鼠 豬 家蠶 果蠅 三角帆蚌 擬南芥 小麥 水稻 玉米 煙草 毛白楊 胡楊 甘薯 油松 草莓 棉花 甲藻 灰葡萄孢菌 大腸桿菌等
分析內容
標準生信分析
1.原始數(shù)據(jù)過濾與測序質量評估
2.比對去除rRNA、tRNA、sRNA等
3.Reads長度分布統(tǒng)計與長度過濾
4.比對參考基因組
5.測序飽和度分析
6.ORF在基因組上的分布統(tǒng)計與分類
7.三堿基節(jié)律分析
8.翻譯基因統(tǒng)計與表達量分析
9.樣本關系分析
10.組間差異翻譯基因分析
11.差異翻譯基因的GO和KEGG功能富集分析
12.ORF的翻譯潛力分析
13.ORF的特征分析
Ribo-seq與RNA-seq的聯(lián)合分析
1.翻譯效率計算
2.Ribo-seq與RNA-seq的相關性分析
3.翻譯效率與轉錄水平的關聯(lián)分析
相關技術服務
多聚核糖體圖譜（Polysome profiling）
利用蔗糖密度梯度離心分離游離mRNA、40S和60S核糖體亞基、單核糖體和多聚核糖體，收集多聚核糖體組分進行RNA或蛋白質分析，從而直觀地呈現(xiàn)細胞內mRNA的翻譯狀態(tài)。
多聚核糖體表達譜分析（Polysome-seq）
通過蔗糖密度梯度離心分離多聚核糖體組分，結合高通量測序技術，鑒定全基因組范圍內編碼與非編碼基因、分析轉錄本翻譯效率、挖掘新的非編碼RNA翻譯功能，助力從mRNA到蛋白質之間的翻譯調控機制研究。
甲基化RNA免疫沉淀測序（meRIP?seq）
meRIP-seq通過將m6A抗體與帶有m6A修飾的RNA片段進行免疫共沉淀，結合高通量測序技術，在全轉錄組水平上鑒定和分析RNA的m6A甲基化修飾位點及修飾水平，從而揭示m6A修飾在基因表達調控等生物學過程中的作用機制。
RNA免疫共沉淀測序（RIP-seq）
通過RNA免疫沉淀技術富集與目標蛋白結合的RNA，再進行高通量測序，在全轉錄組范圍內分析體內與特定蛋白相互作用的RNA分子，揭示RNA結合蛋白（RBP）與RNA互作，助力探索基因表達的轉錄后調控機制。
RNA親和純化測序（RAP-seq）
通過體外蛋白表達技術，表達出帶有標簽的RNA結合蛋白（RBP），然后與RNA在體外進行孵育和結合，再分離出與目的RBP結合的RNA，結合高通量測序，可以鑒定出蛋白質結合的mRNA、lncRNA等與細胞命運緊密相關的重要RNA。
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