RAP-seq技術(shù)——無需特異性抗體，高效解析RNA-蛋白互作調(diào)控網(wǎng)絡(luò)

在細(xì)胞的生命活動中，RNA結(jié)合蛋白（RBP）與RNA的互作如同精密的“分子開關(guān)"，調(diào)控著mRNA的穩(wěn)定性、翻譯效率及亞細(xì)胞定位等關(guān)鍵過程。無論是植物應(yīng)對鹽堿干旱的逆境適應(yīng)，還是人類疾病中的基因表達(dá)異常，這些生命現(xiàn)象的調(diào)控機(jī)制均與RBP與RNA的動態(tài)互作密切相關(guān)。然而，傳統(tǒng)技術(shù)如RIP-seq、CLIP-seq受限于抗體質(zhì)量和通量瓶頸，難以高效解析這類互作網(wǎng)絡(luò)。

藍(lán)景科信RAP-seq技術(shù)：突破傳統(tǒng)的互作研究方案

RNA親和純化測序（RNA Affinity Purification Sequencing, RAP-seq） 是藍(lán)景科信自主研發(fā)的創(chuàng)新技術(shù)，通過體外重組蛋白表達(dá)-RNA親和捕獲-高通量測序的全流程設(shè)計，實(shí)現(xiàn)了RBP結(jié)合RNA的高效鑒定。

技術(shù)流程：

1. 重組蛋白制備：體外表達(dá)帶標(biāo)簽（如HaloTag）的目標(biāo)RBP；

2. RNA親和純化：重組蛋白與總RNA孵育，特異性捕獲互作RNA；

3. 高通量測序和分析：分離結(jié)合RNA，構(gòu)建文庫并測序，解析互作轉(zhuǎn)錄本。

RAP-seq vs 傳統(tǒng)技術(shù)：三大優(yōu)勢

RAP-seq的多維應(yīng)用場景

l  植物逆境應(yīng)答：解析RBP在干旱、鹽堿、高溫等脅迫下的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)； 

l  發(fā)育生物學(xué)：追蹤胚胎發(fā)育、器官分化中的RNA-蛋白互作動態(tài)； 

l  疾病機(jī)制研究：篩選癌癥、神經(jīng)退行性疾病中異常表達(dá)的RBP及其靶RNA； 

l  作物育種：鑒定調(diào)控產(chǎn)量、品質(zhì)的關(guān)鍵RBP，輔助分子育種。 

應(yīng)用案例：RAP-seq在植物逆境研究中的應(yīng)用

案例一：胡楊耐鹽機(jī)制的分子解碼

文章標(biāo)題：Populus euphratica GRP2 Interacts with Target mRNAs to Negatively Regulate Salt Tolerance by Interfering with Photosynthesis, Na⁺, and ROS Homeostasis

期刊：International journal of molecular sciences

技術(shù)應(yīng)用：利用RAP-seq鑒定胡楊GRP2蛋白結(jié)合的mRNA，發(fā)現(xiàn)其通過靶向光合作用相關(guān)基因（如PETC、RBCMT）和抗氧化酶基因（SOD[Mn]、CDSP32），抑制耐鹽相關(guān)通路，揭示GRP2作為負(fù)調(diào)控因子的分子機(jī)制。

案例二：楊樹耐旱基因的互作網(wǎng)絡(luò)解析

文章標(biāo)題：Rare variations within the serine/arginine-rich splicing factor PtoRSZ21 modulate stomatal size to determine drought tolerance in Populus

期刊：New Phytologist

技術(shù)應(yīng)用：RAP-seq揭示PtoRSZ21蛋白直接結(jié)合自噬相關(guān)基因PtoATG2的mRNA，通過可變剪接調(diào)控氣孔發(fā)育，證明該蛋白通過重塑RNA互作網(wǎng)絡(luò)增強(qiáng)耐旱性。