ThePlantCell：DAP-seq應用于水稻氣孔開度調控機制文章

        2022年8月5日，揚州大學江蘇省作物遺傳生理國家重點實驗室、糧食作物現代產業技術協同創新中心的聯合研究成果在線發表在The Plant Cell上，文章題目為“Phytochrome interacting factor regulates stomatal aperture by coordinating red light and abscisic acid"。該期刊的影響因子為12.085。本研究使用DAP-seq技術發現水稻OsPIL15轉錄因子靶向OsABI5，進一步研究表明，OsPIL15與OsHHO3相互作用促進OsABI5的轉錄，揭示了PIFs在紅光介導的氣孔開放中發揮作用的分子機制，證明了PIFs通過協調紅光和ABA信號傳導來調節氣孔運動。

        植物通過氣孔運動來響應環境的變化。氣孔運動是協調光合作用和蒸騰作用的關鍵生理過程。藍光和紅光可以影響氣孔運動。藍光受體介導的藍光對氣孔運動的調控機制已被廣泛研究，但紅光受體光敏色素(phys)介導的氣孔運動調控途徑尚不清楚。植物光敏色素互作因子(PIF)作為phys的下游蛋白，可以直接與phys相互作用，并作為光反應的負調控因子。PIF和PIF-like(PIL)蛋白參與植物的生長發育，作為細胞信號樞紐協調轉錄調控網絡。然而，PIFs在調節氣孔運動的作用機制還不清楚。

        在水稻中，PIF家族基因OsPIL15是否參與了氣孔運動的調節？可能的機制是什么？對OsPIL15的過表達與敲除突變體的表型進行分析發現，OsPIL15通過負調控氣孔開度來降低葉片的蒸騰速率。進一步研究發現OsPIL15參與ABA誘導的氣孔關閉。通過DNA親和純化測序(DAP-seq)分析發現OsABI5是OsPIL15的潛在靶基因，并且OsABI5啟動子區的PBE-box是OsPIL15的結合位點。雙熒光素酶(Dual-Luc)報告實驗、電泳遷移測定(EMSA)實驗、OsABI5突變體的表型實驗進一步驗證了DAP-seq的結果。之后，使用酵母雙雜交篩選到OsHHO3是OsPIL15的互作蛋白，并且通過雙分子熒光互補實驗、體外Pull-Down實驗證實了OsHHO3與OsPIL15的相互作用。進一步研究發現，OsHHO3通過與OsPIL15互作，促進OsPIL15與OsABI5啟動子區域的結合，進而增強OsABI5的轉錄，調節氣孔開度和葉片蒸騰速率。此外，研究還發現玉米中，與水稻OsPIL15同源的ZmPIF1和ZmPIF3也具有調節玉米氣孔開度的功能，這表明PIFs介導的氣孔開度調控機制在植物中可能是保守的。

圖1. OsPIL15負調控水稻的蒸騰作用。

圖2. OsABI5 是OsPIL15的直接靶基因。

圖3. OsPIL15 的作用機制模式圖

本文總結

本研究發現了水稻PIF轉錄因子OsPIL15與OsHHO3相互作用促進水稻OsABI5的轉錄。OsPIL15是調控ABA信號轉導的關鍵轉錄因子，通過與OsABI5啟動子的PBE-box基序結合調控氣孔開度。此外，與水稻OsPIL15同源的玉米PIF家族基因ZmPIF1和ZmPIF3也負調控玉米的氣孔開度，表明PIF介導的氣孔開度調控機制在植物中可能是保守的。本研究揭示了PIFs在紅光介導的氣孔開放中發揮作用的分子機制，并證明了PIFs可以通過協調紅光和ABA信號傳導來調節氣孔開度，同時也為作物抗旱育種研究提供了一條新思路。

藍景科信河北生物科技有限公司為作者提供了DAP-seq技術支持。